擔任閣揆 行動內閣成立
一九九七年八月廿一日，李登輝總統透過總統府秘書長黃昆輝，知會蕭立委，要他為接任行政院長預作準備，當天下午，他在立法院召開記者會，提出改善治安、發展經濟、提升民眾生活品質、兩岸關係正常發展四項施政重點。責任感甚重的蕭萬長，翌日返回嘉義舉辦感恩茶會時，向鄉親表示，「希望歷史僧記載，那個蕭萬長是一位勤政愛民的行政院長」。國民黨並在八月廿八日舉行臨時中常會，通過提名蕭萬長為行政院長，蕭萬長也成為台灣第一個土生土長的「行政院長」。
蕭萬長說：「近兩年的立委，帶給我最大的啟示，是換了一個角度來看問題，以前在政務官時期，既是政策的推動者，往往從執行面來看問題；後來擔任民代，卻要從民眾的需要面來看問題，換了一個角度，許多問題看得更為真切，也更能貼近民眾的想法。」
也因此，在蕭內閣的施政報告中，提升民眾生活品質便成為施政重點中的重點。九月九日，蕭萬長踏進立法院進行施政報告，他不但明確定位出新閣為肯用心做事的「行動內閣」，也強調行政院的團隊精神，是一個能夠隨時自我考核反省，對民意完全負責的「責任內閣」；蕭萬長不但要使台灣成為亞太地區科技島及專業服務中心，也要成立「單一窗口」，解決投資障礙。
蕭萬長並提出先期規劃國民年金、失業保險兩項制度，展現政府的社會關懷，並要引進企業經營理念，全面進行政府改造工程。
蕭萬長不是喊口號的人，從九月一日上任以來，蕭萬長認為「政府用心，人民才能安心」，除了讓各部會「上緊發條」，從民眾的角度多推動便民政策外，也積極走訪地方，抓緊民意的脈動。也因此，上任以來，迭有重大突破，不但高速鐵路定案，促成民間投資的最大型的ＢＯＴ建設開 步走；引起民眾極度恐慌的白曉燕命案三嫌，也難逃法網。
尤其是，當東南亞金融風暴襲捲亞洲，韓元暴跌 、日本蕭條，亞洲受到空前經濟危機之際，蕭萬長偕 同內閣財經官員的穩健掌舵，讓台灣安然渡過風暴危 機。亞洲華爾街日報在十二月二十二日的評論中便指 出，「與其他亞洲國家相比，台灣已逃過橫掃這個地 區的金融風暴災難，絲毫未受影響，台灣的債信屹立 不搖，地方選舉後政治氣候穩定、經濟力更是睥睨亞 洲。經濟學家也認為，台灣以製造業為主的經濟成長 率，一九九八年將超過六％，使台灣的經濟成長率在 全球名列前茅。」
事實上，台灣能渡過風暴絕非僥倖，蕭內閣密集 而審慎的行政措施及財經政策，提供了最直接的穩定 力量，這也使得充滿活力的蕭內閣，責任更顯重大。
成立基金會倡議兩岸共同市場
蕭萬長脫下公職外衣之後，仍就不改其為國服務的理念，根據對台灣發展經驗的長期參與瞭解，他持續關注台灣的經濟發展與競爭力的提昇，面對國際之間區域自由貿易的興盛，了解到兩岸關係在全球化與區域合作中的重要性，提出「兩岸共同市場理念」，並一起與關心台灣發展的企業家朋友共同捐資於今年三月二十六日正式成立兩岸共同市場基金會，蕭萬長擔任基金會董事長，登高倡議兩岸共同市場理念，試圖為兩岸在政治紛擾之時導出以經貿發展為基礎的方向。