民國八十八年九月二十一日凌晨一點四十七分，台灣發生百年僅見的大地震，蕭萬長立即與幕僚通電話，並即刻出門；停電讓電梯停擺，蕭萬長爬下十八樓模黑趕赴消防總署。
凌晨一點五十分，蕭萬長與幕僚通完電話，立刻走出家門；停電讓電梯停擺，蕭萬長從十八樓摸黑走下來，搭車邀同秘書長謝深山、新聞局長程建人、內政部長黃主文等人，一同轉赴設在消防署的中央防救中心。
這是民國八十八年九月二十一日凌晨，台灣民眾永難忘懷的一刻「集集大地震」，為台灣帶來空前的災難！
地震一發生，蕭萬長就判斷這次強震可能引起慘重的災情，立刻就透過新聞局長程建人，請各相關都會首長掌握最新狀況。
蕭萬長一行坐車穿越漆黑的台北市，兩點半前就抵達消防署，聽取氣象局簡報，得知震央在南投集集附近。隨即與相關首長研商，成立「重大地震中央處理中心」，統籌指揮應變，並宣布了九項緊急措施。由於災區音訊全斷，各地災情完全無法掌握，蕭萬長決定在南投縣消防局本部成立「中央防救中心前進指揮所」，由內政部次長林中森擔任指揮官。
蕭萬長隨即致電副總統連戰，報告最新災情，連副總統也在清晨三點一刻抵達消防署。
開完會後，天還沒亮，蕭萬長離開消防署先趕回家，又從一樓爬上十八樓，略作梳洗，便又趕赴機場，於六點半搭乘直昇機前往南投；在空中看到滿目瘡痍的大地，他的心情既沈重又焦急。
捲起袖子深入災區
在南投縣立體育場聽取縣長彭百顯的災情報告後，蕭萬長接著趕赴醫院探望。看到路上的屍體，醫院中的病患，他無限悲痛，一心思考者救災的種種步驟。由於通訊中斷，地方政府也無法確切掌握各地災情，來到南投災區的李總統，連副總統．蕭萬長等人決定分赴台中、彰化、嘉義與雲林等地瞭解災情。
蕭萬長一行六人馬不停蹄的在雲林瞭解災情，直到下午兩點仍未用餐，後來看到鄉公所剩下三個冷便當，他們六人就分吃了那三個冷便當，隨後又轉赴嘉義瞭解災情。
巡視完災區，蕭萬長又趕回台北，下午四點半在行政院召開「九二一地震善後會議」，迅速做出十五項救援重要措施。當晚，李總統召開另一次高層會議，確認了這十五項救援措施。
隔天晚上，李總統召開第二次會議，宣佈成立「九二一地震救災督導中心」，由連副總統擔任召集人。
為了迅速掌握災情與危機處理，經建會主委江丙坤等中央首長也立即進駐災區。行政院副院長劉兆玄於九月二十九日進駐台中，成立「行政院災後重建推動委員會中部辦公室」，擔任行政院第一線指揮的重責。整個行政院團隊都動起來了：劉兆玄坐鎮台中、經建會主委江丙坤負責南投，政務委員楊世緘負責台中市、農委會副主委林享能進駐震央所在的集集、經濟部次長張邦昌在死傷最慘重的中寮鄉、交通部次長陳世圮則在倒了一千多棟房子的魚池鄉。
在蕭萬長充分授權與支援下，內閣部會首長副首長都捲起袖子，與民眾同甘共苦，全力解決災區問題，讓民眾對這些「中央大員」的刻板印象為之改觀。
蕭萬長深知救災只是第一步，災後的安置與重建工作，更需要政府與民間共同攜手，由下而上進行。為結合更多學者群眾推動重建工作，蕭萬長成立了「行政院重建諮詢團」，並請中研院院長李遠哲擔任團長；當時李遠哲正在埃及參加學術會議，蕭萬長設法連絡上李遠哲，李遠哲也一口答應。
到了十一月底，救災與安置工作已大致完成。這段過程中，行政院受到許多批評與誤解，而蕭萬長清楚，民眾受到這麼大的創痛，對政府的指責是必然的。他常告訴旁人：「政府受到的指責是一時的，災民的傷痛是永久的。」
不過，對於刻意扭曲所有救災重建的不實指責，蕭萬長也曾堅定地反駁與澄清。例如，部份媒體根據錯誤的資料指稱「直到十一月底還有十萬災民未獲安置」，事實上，真正需要安置的只有五千六百多人。許多誤解與批評，經過行政院即時說明與事實的浮現，都証明了行政院團隊在這次救災過程中表現傑出；就連日本專家也肯定台灣政府救災的表現，比日本政府在阪神大地震中的表現更為出色，土耳其媒體更報導，土耳其需要像台灣這樣的政府。
國家社會的發展並非一路坦途，遇到「九二一地震」這樣百年僅見的鉅災，更加考驗著國家領導人的危機處理能力。連戰、蕭萬長及整個國家團隊，經過「九二一」的嚴酷考驗，充分証明了這是個願意為人民赴湯蹈火，值得信賴的國家團隊。