央行總裁許遠東堅守匯率，但蕭萬長認為金融風暴不會短期結束，繼續固守匯率將付出高昂代價。
蕭萬長拉著許遠東去面見李總統，李總統也認為蕭萬長的分析有道理，於是許遠東接受了蕭萬長的意見。
由蕭萬長領軍的亞洲金融風暴對抗戟，是台灣歷史上值得驕傲一頁。
民國八十七年七月一日，泰國外匯市場出現異常交易，一場殃及全球的金融風暴就此揭開序幕，從東南亞到香港，韓國，日本，亞洲各國接連受到衝擊，就連台灣也進入了這個超級暴風圈。
在此關鍵時刻，蕭萬長於當年九月一日接任行政院長，這場金融風暴也成為他最嚴厲的挑戰。
當時央行總裁許遠東宣示穩定新台幣價位，要把美元對台幣的匯率維持在一：二八．五；這項政策起初相當成功，有效遏止了市場投機者趁火打劫，但隨著外在環境的惡化，政策漸感吃力。到了十月，民眾預期台幣會貶值，紛紛兌換美金，市場資金轉趨緊俏、利率攀升、股匯率保衛戰，市場預期貶值的心理卻更趨濃厚。學者專家對此抱持兩種看法：一派認為台灣的外匯存底雄厚，應有能力保護價位；另一派則認為各國幣值都在貶值，台灣若要效法香港堅守匯率，勢必付出慘重代價。在行政院內部開會時，兩派激烈辯論，沒有交集。
蕭萬長剖析各方意見後認為，新台幣很難不貶值，而且繼續力守匯率將影響外買競爭力，難保經濟不會陷入惡性循環。另外，國際金融投機者雖未大舉入侵，卻已蠢蠢欲動，金融風暴若不能迅速平息，投機客將全面介入匯市興風作浪，導致經濟金融狀況更趨險惡。
說服許遠東改變政策
十月八日，蕭萬長召開就任後首次財經首長會談，宣示政府穩定金融、股市的決心，並達成一項秘而不宣的決議：將在適當時機，放手匯率由市場機能運作。
十月十六日，行政院再舉行財經會談，蕭萬長建議央行不應再進場干預匯價，央行堅持了三個月的匯率政策因此劃下句點。
這是一項關鍵性的政策轉變。新台幣貶值幾天之後隨即回穩，利率下降，股市上漲，且因匯率隨市場動態調整，投機者根本無從介入，整體經濟完全改觀。反觀香港政府，當時耗費一百五十億美元堅守港元匯率，傾全力與國際金融炒手索羅斯激戟，造成利率飆升，股市重挫，經濟一片蕭條。
許遠東因為堅守匯率，被一些主委狠狠修理，蕭萬長還在立法院出面為他辯護。散會之後，蕭萬長私下勸許遠東改變主意，蕭萬長認為金融風暴不會短期結束，繼續固守匯率將付出高昂代價。
這其中，尚有一段插曲，蕭萬長從未向外界透露。
由於央行職掌外匯政策，央行總裁依法獨立行使職權，做為行政院長的蕭萬長非常尊重央行職權。當時的央行總裁許遠東和蕭萬長交誼深厚，蕭萬長擔任國貿局長時推動簡化進出口簽證手續，希望把自由進出口項目交由銀行接手代簽，很多銀行都表示遲疑，而許遠東站出來支持蕭萬長。這兩個老友坦開心胸，深入懇談，稍後蕭萬長又拉著許遠東去面見李總統，李總統也認為蕭萬長的分析有道理，於是許遠東欣然接受了蕭萬長的意見。
各國領袖紛來取經
到了八十七年五月問，受日圓大幅貶值的影響，新台幣預期貶值心理再度出現，為防堵外國投機客炒作新台幣匯率，央行決定暫停國內法人承作無本金交割之遠匯（NDF）交易；這項措施引起爭議，央行受到很大壓力，而蕭萬長力挺接任的央行總裁彭淮南，終使新台幣匯率趨於穩定。
由於蕭萬長與內閣成員通力合作，漂亮地反擊了金融風暴，國際金融投機客如索羅斯等人也知難而退，一度降至八百多億美元的外匯存底，逐漸回升到超過一千億美元。
八十六年，台灣經濟成長率維持在百分之六．八，八十七年也有百分之四．八三的水準；反觀其他亞洲國家，若非負成長，就是零成長。台灣成為亞洲金融風暴中受害最輕微的國家，這樣的成就讓國際間刮目相看，包括李光耀、吳作棟、馬哈迪、羅幕斯、蘇哈托、哈比比等人，先後與蕭萬長交換意見，他們都想要向蕭萬長「取經」。
在因應金融風暴的過程中，外界對行政院有許多不滿，包括暫停國內法人NDF交易，一下五百億元振興房市、振興股市、對經營正常之企業紓困等措施，都曾受到極大的批評和壓力。但是結果一一証明，那些決定都是正確的。
這場由蕭萬長領軍向金融風暴對抗戰，是台灣歷史上值得驕傲的一頁。而蕭萬長最感欣慰的是：藉由這個成功的經驗，台灣有機會和東協、日、韓等國家進一步面對面溝通，台灣的財經首長也紛紛受邀出國訪問，把台灣經驗推向國際。